Durant la Guerra Civil, entre 1936 i 1939, Manén continua la seva activitat concertística amb gires per Europa, actuant sobretot a França, Alemanya, Anglaterra i Àustria. Durant aquella època va renovar la relació artística amb la Radio de Stuttgart i va dur a terme diverses sessions d'enregistrament per a ser emeses: el març de 1936 enregistra obres seves amb el pianista Hubert Giesen; el novembre i desembre de 1937 obres de Bach, Schubert i pròpies amb el pianista Alfred Kuntzsch i dirigeix el seu ballet Rosario la Tirana; i a l'abril de 1939, a part de gravar algunes obres de Bach i Hubay amb el pianista Georg Schmid, dirigeix l'Obertura “La vida es sueño” i grava el Concerto da camera op. A-24 per a violí, orquestra de corda i arpa. Les seves aparicions a la Sala Pleyel i la Sala Gaveau de París són habituals i la crítica francesa enalteix la “claredat, sobrietat i encant” de les seves interpretacions. (Le Journal, 06-04-1938) El 1938, al Teatre de l'Òpera de Hèlsinki, es va representar de nou la seva òpera Neró i Acté, aquest cop traduïda al finlandès.
Joan Manén fou un dels primers violinistes en utilitzar la corda d'acer per la primera corda del seu instrument. A part la casa Gebrüder Schuster de Markneukirchen va treure un joc de cordes revestides d'or amb l’espessor que acostumava a utilitzar el violinista. La casa va posar a aquest joc el nom de “Joan Manén violin saite”.
Manén va sentir sempre una gran fascinació per la figura de Niccoló Paganini. Va fer sis arranjaments d'obres seves com Le Streghe o I Palpiti - en les que va harmonitzar de forma molt lliure l'acompanyament pianístic - i va crear una obra original per a violí i orquestra basant-se en el Caprici nº 24. També va estudiar molt el personatge i va escriure un argument per a un guió cinematogràfic titulat El secreto de Paganini. Després de diversos intents infortunats per portar-ho a la pantalla, el text fou publicat el 1964, formant part del llibre Relatos de un violinista, un recull de contes sobre música escrits per ell. Entre 1938 i 1939 fa una sèrie d'investigacions per localitzar la tomba eventual on fou enterrat Paganini abans de que trobés sepultura al cementiri de Parma. Corria la llegenda que havia estat enterrat uns anys a l'illot francès de Saint-Ferréol. Després de diverses investigacions que comptaren amb l'ajuda del seu amic el publicista Alain Courtau, Manén tingué la convicció de que aquell rumor era cert. Per certificar definitivament la hipòtesi va viatjar diverses vegades a l'illot per cercar les restes de la tomba. Finalment va aconseguir trobar una tomba amagada entre la malesa que confirmava, segons les seves investigacions, que Paganini havia estat enterrat allà. Va registrar el descobriment a l'Ajuntament de Cannes i es va crear una comissió municipal amb el nom de Souvenir de Paganini, per a poder fer el 27 de maig de 1940 - data exacte del centenari de la mort del cèlebre violinista- la inauguració d'un monument en la seva memòria. Malauradament l'esclat de la Segona Guerra Mundial no va permetre la realització d'aquell homenatge.
Tot just acabada la Guerra Civil espanyola i amb l'esclat de la Segona Guerra Mundial, Manén veu cancel·lades moltes de les actuacions previstes. Davant d'una Europa en plena bel·ligerància i una Espanya en postguerra decideix amb la família traslladar-se a Estoril (Portugal). Durant el 1940 les seves actuacions van ser mínimes i va dedicar temps a la composició de noves obres com el Concert nº 3 “Ibérico” per a violí i orquestra. També va iniciar la redacció de Mis experiencias, el primer volum de les seves memòries que publicaria quatre anys més tard. El 16 de novembre de 1940 va tenir lloc al Teatro da Trindade de Lisboa un concert monogràfic amb obres simfòniques seves, a benefici de les víctimes dels aiguats que van tenir lloc a Catalunya l'octubre d'aquell any i que van provocar 350 víctimes. En el concert, Pedro Freitas Branco i Joan Manén van compartit la direcció de l'Orquestra Nacional de Portugal i es va comptar amb la participació de la jove violinista portuguesa Leonor Alves da Sousa, que en aquells moments rebia consells de Manén. Es va estrenar la Introducción y baile de la tarántula, fragment simfònic del Don Juan, la nova òpera en que havia estat treballant durant forces anys i que ampliaria fins a convertir-la en una trilogia d'òperes.
Malgrat prendre la decisió de viure a Portugal per allunyar-se del conflicte, els anys 1941 i 1942, en plena guerra, Manén decideix actuar a Alemanya i Àustria. Els concerts tenen lloc a Berlín, Salzburg i Linz, entre altres ciutats. Sorprenentment mentre a gran part d'Europa es patia una cruenta guerra en la que cada dia morien milers de ser humans, a la capital alemanya la vida cultural es mantenia inalterable amb sèries de concerts en que trobàvem en el mateix cartell que s'anunciava a Manén a artistes com Claudio Arrau, Wilhelm Kempff o Vasa Prihoda entre molts d'altres.
Els dies 9 i 12 d'abril 1942, just un mes després d'actuar a Berlín, amb la Städtisches Orchester sota la direcció de Fritz Zaun, Manén es presenta al Palau de la Música de Barcelona, després de més de set anys d'absència. Tenen lloc dos “Conciertos Manén” amb l'Orquestra Ibérica de Conciertos i la participació d'Enric Casals com a director i la violinista Leonor Alves da Souza, estrenant el Concert nº 3 “Ibérico” de Joan Manén. El 24 d'abril l'Orquestra Filharmònica de Berlín va fer la seva aparició al Gran Teatre del Liceu interpretant obres de Beethoven, Schubert, Strauss, Wagner i la Introducción y baile de la Tarántula de l'òpera Don Juan de Manén. A partir d'aquell mes el violinista començaria a normalitzar la seva activitat artística a Espanya i viuria durant un temps a cavall entre Estoril i Barcelona. Fins el 1945 no s'establiria definitivament a la ciutat comtal.
