A partir del maig de 1942 i durant tot el 1943 Joan Manén va fer gires per Espanya acompanyat de la pianista Maria Teresa Balcells. Un dels concerts d'aquesta gira va tenir lloc al Conservatori de Manresa en el que, a part de tocar el violí, va acompanyar diverses de les seves cançons a la soprano Mercè Plantada, bona amiga del compositor que anys enrere havia enregistrat en disc les seves Cançons populars catalanes. El 1943 el compositor andalús Olallo Morales, establert des de jove a Suècia, va dedicar el seu Concert per a violí i orquestra a Joan Manén. Morales, fou també un molt bon amic del violinista des de 1913. Havien col·laborat plegats en diverses ocasions en les seves actuacions en aquell país. Manén, per la seva banda, dedicà a Morales el Caprici nº3 op.A-33 per a violí i orquestra, i el Divertimento op. A-32, adaptació per a orquestra de la Fantasia-Sonata op. A-22 per a guitarra.
El gener de 1944 un diari espanyol anuncia la presència de Joan Manén a París, quan faltaven pocs mesos per l'alliberament de la ciutat pels aliats. Aquell any la recent creada Orquestra Municipal de Barcelona interpreta sota la direcció d'Eduard Toldrà el seu Interludio de l'òpera Heros. També el 1944 es presenta en diverses localitats espanyoles destacant un homenatge a Sarasate fet a Pamplona, en l'any del centenari del seu naixement, i diversos concerts simfònics oferts al Gran Teatre del Liceu i al Palau de la Música de Barcelona, amb la participació dels directors Enric Casals i Enric Ribó i les pianistes Rosa Sabater i Antonia Pich Santasusana.
El 2 de maig de 1945 al Coliseum de Barcelona, la Companyia de Dansa de Paul Gobé amb la ballarina Yvonne Alexander estrena El retrato de Dorian Gray, un ballet que Manén va compondre especialment per a Gobé i que fou representat amb èxit a la ciutat fins el 1946. El 14 de maig del 1945 va tenir lloc un Festival Manén al Palau de la Música en que el violinista va interpretar el seu concert Juventus op. A-5 al costat de la pianista Rosa Sabater i el violinista Juan Alós, que havia estat alumne seu. Just pocs dies després, Manén va patir una greu malaltia que el va dur a ser intervingut en diverses ocasions. La seva convalescència es va allargar i va estar inactiu més d'un any. En una entrevista que li va fer el periodista Antonio Losada, Manén explicà la següent anècdota: “durant les meves llargues nits de febre i d'insomni no vaig mai deixar-me de donar admirables concerts escoltant tota la música que conec. (...) Prova d'aquests exactes repassos mentals és que vaig endevinar al minut el què durava una de les tres operacions que em van fer amb anestesia local, perquè durant l'operació vaig executar dues vegades el Concert de Mendelssohn. (...) No vaig tenir altre recurs per matar el temps - 64 minuts - que tocar el violí mentalment.” El retorn als escenaris es produeix el 4 d'octubre de 1946 al Palau de la Música, amb la interpretació d'un dels seus concerts preferits, el Concert nº1 de Max Bruch. Aquell dia Manén també dirigeix obres de Byrd i Millet i la seva Cançó i Estudi op. A-8 interpretada per Joan Massià. El novembre d'aquell any l'oboista Domingo Segú i l'Orquestra Municipal de Barcelona dirigida per Toldrà estrenen amb èxit el Concert per a oboè i orquestra op. A-39 de Manén.
El 1947 s'inicia amb l'estrena d'una nova obra de Joan Manén, el seu Concert per a violoncel i orquestra op. A-31. El compositor havia escrit aquest Concert inicialment per a Pau Casals. Ja l'any 1911, el gran violoncel·lista d'El Vendrell havia demanat a Manén que escrigués una obra per a ell. Manén no va entregar el Concert al violoncel·lista fins el 1934. Un cop finalitzada la Guerra Civil i amb l'exili del mestre, l'estrena de l'obra quedà aturada. Manén decideix aleshores donar a conèixer l'obra al gran violoncel·lista català Gaspar Cassadó, que de seguida es va comprometre a estrenar-lo, un cop finalitzada la Segona Guerra Mundial; el 5 de gener de 1947, Cassadó estrena el Concert per a violoncel i orquestra de Manén a Roma amb l'Orchestra dell'Augusteo dirigida per Antonio Pedrotti.
El mateix 1947, l'Orfeó Català dirigit per Lluís Maria Millet estrena Muntanya de Montserrat i Alícia de Larrocha interpreta el Concert simfònic per a piano i orquestra op. A-13 al costat de l'Orquestra Municipal de Barcelona dirigida pel mateix compositor. El 1948 Manén realitzà gires per Espanya, França i Suècia, i instituí, al Conservatori Municipal de Música de Barcelona, el Premi Manén de 500 pessetes, al violinista que dominés millor el “sautillé”. El 15 de juny el violoncel·lista català Ricard Boadella i la pianista Antònia Pich Santasusana van estrenar a Sabadell la Sonata di concerto op. A-42 per a violoncel i piano de Joan Manén. En els propers anys Boadella interpretaria la Sonata en diverses gires de concerts per Europa. A l'octubre de 1948 a França, el gran flautista Gaston Crunelle estrena la suite Belvedere per a flauta i orquestra de corda de Manén. El 1955 el flautista català Josep Maria Brotons l'estrenaria a Espanya.
El 1949 Joan Manén rep un concert d'homenatge a Radio Barcelona en el que hi participen, al costat d'ell, la soprano Mercedes Capsir i el violinista Jaume Llecha, guanyador aquells dies del Premi Manén. El 1950 viatja dues vegades a Estats Units per fer gires pel país; dos dels concerts van tenir lloc al Town Hall de Nova York i foren enregistrats i emesos per la WNYC, la radio pública de la ciutat. Durant l'estada al país va presentar diverses de les seves obres orquestrals com el Concerto da camera per a violí i orquestra de corda i arpa, les Miniatures per a orquestra de corda i el Konzertstück de Beethoven finalitzat per ell mateix.
Els darrers mesos de 1951 Joan Manén actua a França. A París fa diversos concerts i dirigeix l'estrena del poema simfònic Elogio del fandango op. A-43 amb l'Orquestra Colonne. El 5 de desembre, a l'École Normale presenta l'Orquestra invisible, un nou invent realitzat per ell amb el que es podia presentar alhora en la seva triple faceta de solista, compositor i director d'orquestra; Manén enregistrà prèviament com a director dos dels seus concerts - el Concerto da camera i el Concert nº3 “Ibérico”-, sense la part de violí solista i posteriorment, en concert, tocava sobre de l'enregistrament gravat. Segons Manén aquest invent permetia al solista tocar “lliurament”, acompanyat d'una orquestra impecable que aconseguia una absoluta precisió, molt poc habitual en concerts degut al poc temps del que normalment disposaven per fer assajos. Aquest invent, creat quasi al mateix temps que el Music Minus One americà, guanyà un Premi Ondas el 1955.
El 20 de desembre de 1952 Manén estrena al Gran Teatre del Liceu de Barcelona Soledad, una òpera amb tan sols quatre personatges ambientada en l'època de Goya i amb llibret del mateix compositor. Els intèrprets van ser: Lina Richarte, soprano; Inés Rivadeneira, mezzo; Pablo Civil, tenor i Raimundo Torres, baríton. Després de l'òpera també es va representar el seu ballet Rosario la Tirana amb coreografia de Joan Magriñà que fou el principal ballarí al costat de Rosita Segovia. Tant l'òpera com el ballet foren dirigits pel mateix compositor. Durant el 1953 Manén actua en diverses ocasions a París i va fer enregistraments per Radio Nacional de França.
El 24 d'abril de 1954 es posa la primera pedra de l'Auditorium, una nova sala de concerts finançada privadament pel mateix Manén i que havia de suposar una nou auditori de gran envergadura per la ciutat de Barcelona. Durant aquell any es continuaren interpretant obres de Manén a l'estranger: les Miniatures per a orquestra de corda a Nova York i l'Elogio del Fandango a Estocolm, entre d’altres.
Després de fer una gira per Àustria, Itàlia i Alemanya, el febrer de 1955 Manén dirigeix a París l'enregistrament de l'òpera Soledad, adaptada al francès, per a ser emesa per Radio Nacional de França. Immediatament reprèn una gira de concerts per Àustria amb el pianista Hubert Rathgeber, amb un exitós recital a la Sala Brahms del Musikverein de Viena en que interpreta obres de Bach, Beethoven, Mozart, Saint-Saëns, Sarasate i Manén. Durant la resta de l'any i els primers mesos de 1956, continua alternant concerts a diverses poblacions de Catalunya com Palamós, Figueres o Manresa amb gires per França, Àustria i Holanda.
El 1957 fou l'any més intens dels darrers del violinista. Manén ja tenia aleshores setanta-quatre anys. Des de principis d'any i fins el mes de juny va fer concerts per Suïssa, Bèlgica, Holanda i França. El 27 de març, l'Ajuntament de Barcelona anuncià la concessió de la Medalla d'Or al Mèrit Artístic a Joan Manén i el 7 de juny, va tenir lloc un concert d'homenatge en motiu de la concessió. En aquell concert, que suposava el darrer al Palau de la Música de Barcelona, l'Orquestra Municipal de Barcelona dirigida per Eduard Toldrà va interpretar diverses obres orquestrals del compositor i acompanyà al violinista en la Romança en sol major de Beethoven i el Concert per a violí nº2 “La Campanella” de Paganini en l’harmonització de la part orquestral feta pel mateix violinista. D'aquest concert la revista Ritmo va escriure: "El públic es va sentir electritzat per la indescriptible puresa del so i la meravellosa agilitat del violinista, per al qual les més temibles dificultats tècniques són superades amb inversemblant facilitat". En ocasió de la concessió del la Medalla, el periodista, compositor i musicòleg Artur Menéndez Aleixandre, que era en aquell moment el secretari personal del músic, va fer diverses conferències sobre el compositor, contextualitzant-lo en la història i evolució de la música espanyola. A l'abril Manén fou convidat pel Consell Permanent d'Exposicions de Cannes per donar un concert amb orquestra i un recital. El 25 de setembre, amb motiu dels actes inaugurals de l'Estadi del Futbol Club Barcelona, es va celebrar un concert en tres parts al Teatre Tívoli de Barcelona en el que Manén va interpretar el seu Concerto da Camera Op. A-24 entre d'altres obres. Durant l'any va fer concerts de comiat, sempre acompanyat de la pianista Antònia Pich Santasusana, a Madrid (Teatro de la Zarzuela), Saragossa, Osca i per diverses poblacions catalanes: Granollers, Badalona, Calella, Olot i Girona.
L'any 1958 van tenir lloc les darreres actuacions de Joan Manén com a violinista; segons La Vanguardia Manén retornava d'una gira de concerts per França, Alemanya i Bèlgica. Finalitzava així una llarga carrera de més de 65 anys en que havia dut a terme més de 4.000 concerts a Europa i Amèrica. Durant l'octubre va formar part del jurat per la renovació de l'Orquestra Simfònica del Gran Teatre del Liceu i un any més tard, durant les bodes d'or del teatre, se li va concedir el primer premi per la seva obra Festividad.
Fou membre de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando i de la Reial Acadèmia de Música d'Estocolm. Va rebre moltes distincions durant la seva llarga carrera, entre les quals destaquen la de “Caballero de la Real Orden de Carlos III” i la de “Comendador de número de la Orden Civil de Alfonso XII”.
