A principis de 1898 Joan Manén i el seu pare arriben a Berlín. Allà inicien una relació d'amistat amb Otto Goldschmidt i la seva esposa, la pianista Berta Marx-Goldschmidt. Otto Goldsmith, secretari personal del violinista Pablo Sarasate, estava molt ben relacionat amb el món musical berlinès i des dels inicis valora molt positivament el talent del jove violinista i el vol recolzar fent-li de conseller i ajudant-lo a desenvolupar la seva carrera. Goldschmidt li va preparar una audició per el famós violinista navarrès, i el jove Manén aprofità l'ocasió per interpretar els Zigeunerweisen del propi Sarasate. Tot i la sort de poder escoltar Sarasate i de probablement rebre’n consells, la relació Manén-Sarasate va ser sempre freda i segurament condicionada per una certa rivalitat entre tots dos. Gràcies a la relació amb Goldschmidt, Manén convisqué en un cercle musical d'alt nivell intel·lectual i artístic que el va enriquir i que li permeté créixer com a músic: assistí a grans concerts on va poder escoltar alguns dels millors músics del moment; fou audicionat per Herman Wolff, el principal representant d'artistes de Berlín; conegué personalment a grans compositors i intèrprets com Max Bruch, Eugene D'Albert, Rosa Sucher, Leopold Auer, Teresa Carreño o Antonin Dvorák; i fins i tot Goldschmidt li presentà a l'editor Fritz Simrock que de seguida va entreveure el talent compositiu del jove músic i li edità un bon nombre de les seves obres per a violí i piano. El 1898, gràcies a l’audició realitzada per Herman Wolff, Manén actua com a solista a la Singakademie amb l'Orquestra Filharmònica de Berlín sota la direcció de Josef Rebicek interpretant el seu Concerto Espagnol i dos dels seus Capricis. Abans de finalitzar l'any fa el debut a París, al Nouveau Théâtre, durant el Festival Beethoven i tot seguit es presenta amb la Filharmònica de Varsòvia sota la direcció d'Emil Mlynarski. Al gener de 1899 és contractat per oferir quinze recitals per Alemanya i al mes següent substitueix a Fritz Kreisler a Berlín. El 21 de març, en una vetllada privada, Manén va tenir el gran honor de poder tocar la Fantasia escocesa de Max Bruch acompanyat al piano pel mateix compositor i durant l'estiu finalitza els Capricis catalans núms. 3 i 4 així com diverses obres per a violí i piano.
Inaugura l'any 1900 amb un recital a la Rokoko Saal de l'Hotel Disch de Colònia acompanyat al piano pel gran compositor alemany Richard Strauss. Durant una estada a Barcelona, Manén dirigeix per primera vegada la seva Simfonia Catalònia (Teatre Líric, 20 de maig de 1900), una obra ambiciosa en quatre moviments escrita durant l'estiu de l'any anterior i creada quasi exclusivament amb temes populars catalans. Posteriorment la simfonia seria reelaborada i rebatejada amb el nom de Nova Catalònia.
A partir d'aleshores els concerts a Alemanya no són tan freqüents i la situació econòmica de la família se'n ressenteix. Manén decideix provar sort component una sarsuela que portaria per títol Lo suplici de Tàntalo. A l'octubre de 1900 se'n fan diverses representacions al Teatre Principal i la sardana (Coreijada) que contenia la sarsuela, obté tant èxit que el compositor decideix transformar-la posteriorment en la sardana Pàtria per a cobla. Un any després té lloc la representació d'una segona sarsuela de Manén, L'elixir d'amore, també amb un llibret adaptat per Antoni Ferrer Codina.
A principis de 1902, Manén comença a escriure l'òpera Jeanne de Naples amb llibret del seu amic, el poeta Maurice Chassang. Gràcies a la intercessió de l'editor Vidal i Llimona l'òpera fou estrenada el 22 de gener de 1903 al Gran Teatre del Liceu de Barcelona en italià (Giovanna di Napoli) i dirigida per Edoardo Mascheroni. Gràcies a l'èxit obtingut, el mateix teatre li va encarregar una nova òpera per a ser representada la propera temporada. Per a dur a terme l'encàrrec només van posar una condició: que el llibret estigués ambientat en l'època romana, per aprofitar així uns costosos decorats de Francesc Soler i Rovirosa que havien estat utilitzats per una òpera d'Anton Rubinstein. Manén començaria aleshores a treballar intensament i amb gran il·lusió en una nova òpera que portaria per nom Acté, el llibret de la qual seria escrit per ell mateix en català.
Al març de 1903 Manén presenta el seu Quartet amb piano “Mobilis in Mobili” al concurs de composició de la Sociedad de conciertos de Madrid. L'obra no guanya el premi però és estrenada pel Cuarteto de Madrid amb gran èxit en el mateix concert en que Manén interpreta com a solista el Concert nº 2 de Paganini amb una nova orquestració escrita per ell. Aquell concert tingué lloc al Teatro Real de Madrid i entre l'audiència es trobava la gran pianista Teresa Carreño, una artista amb la que Joan Manén mantingué una gran amistat i col·laborà posteriorment, com a director d’orquestra.
El 3 de desembre de 1903 s'estrena al Liceu l'òpera Acté. Amadeu Vives i Joan Lamote de Grignon van escriure articles a la Revista Musical Catalana en els que recolzaven a l'artista i la seva obra, davant les crítiques quasi unànimement negatives rebudes per part d'una societat barcelonina de gust italianitzat que no estava preparada per afrontar la novetat i originalitat del seu llenguatge; un estil que unia un treball harmònic i d’elaboració temàtica d’influència germànica amb la inspiració i el temperament mediterrani.
