Durante la Guerra Civil, entre 1936 y 1939, Manén continuó su actividad concertística con giras por Europa, actuando sobre todo en Francia, Alemania, Inglaterra y Austria. Durante aquella época mantuvo la relación artística con la Radio de Stuttgart y llevó a cabo varias sesiones de grabación para ser emitidas: en marzo de 1936 graba obras propias con el pianista Hubert Giesen; en noviembre y diciembre de 1937 obras de Bach, Schubert y propias con el pianista Alfred Kuntzsch y dirige su ballet Rosario la Tirana; y en abril de 1939, aparte de grabar algunas obras de Bach y Hubay con el pianista Georg Schmid, dirige la Obertura "La vida es sueño" y graba el Concerto da camera op. A-24 para violín, orquesta de cuerda y arpa. Durante esa etapa sus apariciones en la Sala Pleyel y la Sala Gaveau de París fueron habituales y la crítica francesa ensalzó la "claridad, sobriedad y encanto" de sus interpretaciones (Le Journal, 06-04-1938). En 1938, en el Teatro de la Ópera de Helsinki, se representó su ópera Nerón y Acté, esta vez traducida al finlandés.
Joan Manén fue uno de los primeros violinistas en utilizar la cuerda de acero para la primera cuerda de su instrumento. Aparte la casa Gebrüder Schuster de Markneukirchen sacó un juego de cuerdas revestidas de oro con el espesor que acostumbraba a utilizar. La casa puso a este juego de cuerdas el nombre de "Joan Manén violen saite".
Manén sintió siempre una gran fascinación por la figura de Niccoló Paganini. Hizo seis arreglos de obras suyas como Le Streghe o I Palpiti - en las que armonizó de forma muy libre el acompañamiento pianístico - y creó una obra original para violín y orquesta basándose en el Capricho nº24. También estudió mucho el personaje y escribió un argumento para un guion cinematográfico titulado “El secreto de Paganini”. Tras varios intentos fallidos para llevarlo a la pantalla, el texto fue finalmente publicado en 1964, formando parte del libro “Relatos de un violinista”, una recopilación de cuentos sobre música escritos por él. Entre 1938 y 1939 realizó una serie de investigaciones para localizar la tumba eventual donde fue enterrado Paganini antes de que encontrara sepultura en el cementerio de Parma. Corría la leyenda que había sido enterrado unos años en el islote francés de Saint-Ferréol. Después de varias investigaciones que contaron con la ayuda de su amigo el publicista Alain Courtau, Manén tuvo la convicción de que ese rumor era cierto. Para certificar definitivamente la hipótesis viajó varias veces al islote en busca de los restos de la tumba. Finalmente consiguió encontrar una tumba escondida entre la maleza que confirmaba, según sus investigaciones, que Paganini había sido enterrado allí. Registró el descubrimiento en el Ayuntamiento de Cannes y se creó una comisión municipal llamada “Souvenir de Paganini”, para poder inaugurar el 27 de mayo de 1940 - fecha exacta del centenario de la muerte del célebre violinista- un monumento en su memoria. Desgraciadamente el estallido de la Segunda Guerra Mundial no permitió que este homenaje se pudiera llevar a cabo.
Apenas terminada la Guerra Civil española y con el estallido de la Segunda Guerra Mundial, Manén vio canceladas muchas de sus actuaciones. Ante una Europa en plena guerra y una España en posguerra decidió con la familia trasladarse a Estoril (Portugal). Durante 1940 sus actuaciones fueron mínimas y dedicó tiempo a la composición de nuevas obras como el Concierto nº3 "Ibérico" para violín y orquesta. También inició la redacción de Mis experiencias, el primer volumen de sus memorias que publicaría cuatro años más tarde. El 16 de noviembre de 1940 tuvo lugar en el Teatro da Trindade de Lisboa un concierto monográfico con obras sinfónicas suyas, a beneficio de las víctimas de las inundaciones que tuvieron lugar en Cataluña en octubre de ese año y que provocaron 350 víctimas. En el concierto, Pedro Freitas Branco y Joan Manén compartieron la dirección de la Orquesta Nacional de Portugal y se contó con la participación de la joven violinista portuguesa Leonor Alves da Sousa, que en esos momentos recibía consejos del violinista. Se estrenó la Introducción y baile de la tarántula, fragmento sinfónico del Don Juan, la nueva ópera en que había estado trabajando durante muchos años y que ampliaría hasta convertirla en una trilogía de óperas.
A pesar de tomar la decisión de vivir en Portugal para alejarse del conflicto, en 1941 y 1942, en plena guerra, Manén decidió actuar en Alemania y Austria. Los conciertos tuvieron lugar en Berlín, Salzburgo y Linz, entre otras ciudades. Sorprendentemente mientras gran parte de Europa sufría una cruenta guerra en la que cada día morían miles de seres humanos, en la capital alemana la vida cultural se mantenía con series de conciertos en que encontrábamos en el mismo cartel en que se anunciaba a Manén a artistas como Claudio Arrau, Wilhelm Kempff o Vasa Prihoda entre otros.
Los días 9 y 12 de abril 1942, justo un mes después de actuar en Berlín, con la Städtisches Orchester bajo la dirección de Fritz Zaun, Manén se presenta en el Palau de la Música de Barcelona, ??después de más de siete años de ausencia. Tienen lugar dos "Conciertos Manén" con la Orquesta Ibérica de Conciertos y la participación de Enric Casals como director y la violinista Leonor Alves da Souza, estrenando el Concierto nº3 "Ibérico" de Joan Manén. El 24 de abril la Orquesta Filarmónica de Berlín hizo su aparición en el Gran Teatro del Liceu interpretando obras de Beethoven, Schubert, Strauss, Wagner y la Introducción y baile de la Tarántula de la ópera Don Juan de Manén. A partir de ese mes el violinista empezaría a normalizar su actividad artística en España y viviría durante un tiempo a caballo entre Estoril y Barcelona. Hasta 1945 no se establecería definitivamente en la ciudad condal.
