A partir de mayo de 1942 y durante todo 1943 Joan Manén hizo giras por España acompañado de la pianista María Teresa Balcells. Uno de los conciertos de esta gira tuvo lugar en el Conservatorio de Manresa en el que, aparte de tocar el violín, acompañó varias de sus canciones a la soprano Mercedes Plantada, buena amiga del compositor que años atrás había grabado en disco sus Canciones populares catalanas. En 1943 el compositor andaluz Olallo Morales, establecido desde joven en Suecia, dedicó su Concierto para violín y orquesta a Joan Manén. Morales, fue también un muy buen amigo del violinista desde 1913. Habían colaborado en varias ocasiones en actuaciones en ese país. Manén, por su parte, dedicó a Morales el Capricho nº3 op. A-33 para violín y orquesta, y el Divertimento op. A-32, adaptación para orquesta de la Fantasía-Sonata op. A-22 para guitarra.
En enero de 1944 un diario español anunció la presencia de Joan Manén en París, a pocos meses para la liberación de la ciudad por los aliados. Aquel año la recién creada Orquesta Municipal de Barcelona interpretó bajo la dirección de Eduard Toldrà su Interludio de la ópera Heros. También en 1944 se presentó en varias localidades españolas destacando un homenaje a Sarasate en Pamplona, en el año del centenario su nacimiento, y varios conciertos sinfónicos en el Gran Teatro del Liceo y el Palau de la Música de Barcelona, con la participación de los directores Enric Casals y Enric Ribó y las pianistas Rosa Sabater y Antonia Pich Santasusana.
El 2 de mayo de 1945 en el Coliseum de Barcelona, la Compañía de Danza de Paul Gobé con la bailarina Yvonne Alexander estrenó El retrato de Dorian Gray, un ballet que compuesto por Manén especialmente para Gobé y que fue representado con éxito hasta 1946. El 14 de mayo de 1945 se celebró un Festival Manén en el Palau de la Música en que el violinista interpretó su Juventus op. A-5 junto a la pianista Rosa Sabater y el violinista Juan Alós, antiguo alumno suyo. Justo pocos días después, Manén sufrió una grave enfermedad que lo llevó a ser intervenido en varias ocasiones. Su convalecencia se alargó y le obligó a estar inactivo más de un año. En una entrevista que le hizo el periodista Antonio Losada, Manén explicó la siguiente anécdota: "durante mis largas noches de fiebre y de insomnio no voy nunca a dejarme de dar admirables conciertos escuchando toda la música que conozco. (...) Prueba de estos exactos repasos mentales es que adiviné al minuto lo que duraba una de las tres operaciones que me hicieron con anestesia local, porque durante la operación ejecuté dos veces el Concierto de Mendelssohn. (...) No tuve otro recurso para matar el tiempo - 64 minutos - que tocar el violín mentalmente." El regreso a los escenarios se produjo el 4 de octubre de 1946 en el Palau de la Música, con la interpretación de uno de sus conciertos preferidos, el Concierto nº1 de Max Bruch. Ese día Manén también dirigió obras de Byrd y Millet y su Canción y Estudio op. A-8 interpretada por Joan Massià. En noviembre de ese año el oboísta Domingo Segú y la Orquesta Municipal de Barcelona dirigida por Eduard Toldrà estrenaron con éxito el Concierto para oboe y orquesta op. A-39 de Manén.
El año 1947 se inició con el estreno de una nueva obra de Joan Manén, su Concierto para violonchelo y orquesta op. A-31. El compositor había escrito este Concierto inicialmente para Pau Casals. Ya en 1911, el gran violonchelista de El Vendrell había pedido a Manén que escribiera una obra para él. Manén no entregó el Concierto al violonchelista hasta 1934. Una vez finalizada la Guerra Civil y con el exilio del maestro, el estreno de la obra quedó congelado. Manén decidió entonces dar a conocer la obra al violonchelista catalán Gaspar Cassadó, que enseguida se comprometió a estrenarlo, una vez finalizada la Segunda Guerra Mundial; el 5 de enero de 1947, Cassadó estrenó el Concierto en Roma acompañado la Orchestra dell'Augusteo dirigida por Antonio Pedrotti.
Ese mismo 1947, el Orfeó Català dirigido por Lluís Maria Millet estrenó Muntanya de Montserrat y Alicia de Larrocha interpretó el Concierto sinfónico para piano y orquesta op. A-13 junto a la Orquesta Municipal de Barcelona dirigida por el mismo compositor. En 1948 Manén realizó giras por España, Francia y Suecia, e instituyó, en el Conservatorio Municipal de Barcelona, el Premio Manén de 500 pesetas para el violinista que dominara mejor el "sautillé". El 15 de junio el violonchelista catalán Ricard Boadella y la pianista Antonia Pich Santasusana estrenaron en Sabadell la Sonata di concerto op. A-42 para violonchelo y piano de Manén. En los próximos años Boadella interpretaría la Sonata en varias giras de conciertos por Europa. En octubre de 1948, el gran flautista Gaston Crunelle estrenó en Francia la suite Belvedere para flauta y orquesta de cuerda de Manén. En 1955 el flautista catalán Josep Maria Brotons se encargaría de realizar el estreno en España de dicha obra.
En 1949 Joan Manén recibió un concierto de homenaje en Radio Barcelona en el que participaron la soprano Mercedes Capsir y el violinista Jaume Llecha, ganador entonces del Premio Manén. En 1950 viajó dos veces a Estados Unidos para hacer giras; dos de los conciertos tuvieron lugar en el Town Hall de Nueva York y fueron grabados y emitidos por la WNYC, la radio pública de la ciudad. Durante la estancia en el país presentó varias de sus obras orquestales como el Concerto da camera para violín y orquesta de cuerda y arpa, las Miniaturas para orquesta de cuerda y el Konzertstück de Beethoven finalizado por él mismo.
Los últimos meses de 1951 Joan Manén actuó en Francia. En París llevó a cabo varios conciertos y dirigió el estreno de su poema sinfónico Elogio del fandango op. A-43, con la Orquesta Colonne. El 5 de diciembre, en la École Normale presenta la Orquesta invisible, un invento realizado por él con el que se podía presentar a la vez en su triple faceta de solista, compositor y director de orquesta; Manén grabó previamente como director dos de sus conciertos - el Concerto da camera y el Concierto nº3 "Ibérico" -, sin la parte de violín solista y posteriormente, en concierto, tocaba encima de la grabación. Según Manén este invento permitía al solista tocar "libremente", acompañado de una orquesta impecable que conseguía una absoluta precisión, muy poco habitual en conciertos debido al poco tiempo del que normalmente disponían para los ensayos. Este invento, creado casi al mismo tiempo que el Music Minus One americano, ganó un Premio Ondas en 1955.
El 20 de diciembre de 1952 el compositor estrenó en el Gran Teatro del Liceo de Barcelona su cuarta ópera: Soledad. La obra, basada en un libreto escrito por el mismo Manén, estaba ambientada en la época de Goya e incluía tan sólo cuatro personajes. Los intérpretes del estreno fueron: Lina Richarte, soprano; Inés Rivadeneira, mezzo; Pablo Civil, tenor y Raimundo Torres, barítono. Después de la ópera se representó su ballet Rosario la Tirana con coreografía de Juan Magriñà quien se presentó como principal bailarín junto a Rosita Segovia. Tanto la ópera como el ballet fueron dirigidos por el mismo compositor. Durante 1953 Manén actuó en varias ocasiones en París e hizo grabaciones para Radio Nacional de Francia.
El 24 de abril de 1954 se pone la primera piedra del Auditorium, una nueva sala de conciertos financiada privadamente por el mismo violinista y que debía suponer un nuevo auditorio de gran envergadura para la ciudad de Barcelona. Durante ese año se continúan interpretando obras de Manén en el extranjero: las Miniaturas para orquesta de cuerda en Nueva York o el Elogio del Fandango en Estocolmo.
Después de realizar una gira por Austria, Italia y Alemania, en febrero de 1955 Manén dirige en París la grabación de la ópera Soledad, adaptada al francés, para ser emitida por Radio Nacional de Francia. Inmediatamente retomó una gira de conciertos por Austria con el pianista Hubert Rathgeber, con un exitoso recital en la Sala Brahms del Musikverein de Viena en que interpretó obras de Bach, Beethoven, Mozart, Saint-Saëns, Sarasate y Manén. Durante el resto del año y los primeros meses de 1956, continuó alternando conciertos en diversas poblaciones catalanas como Palamós, Figueres o Manresa con giras por Francia, Austria y Holanda.
En 1957 fue el año más intenso de los últimos que vivió el violinista. Manén ya tenía entonces setenta y cuatro años. Desde principios de año y hasta el mes de junio hizo conciertos por Suiza, Bélgica, Holanda y Francia. El 27 de marzo, el Ayuntamiento de Barcelona le anunció la concesión de la Medalla de Oro al Mérito Artístico y el 7 de junio, tuvo lugar un concierto de homenaje con motivo dicha concesión. En ese concierto, que suponía el último en el Palau de la Música de Barcelona, la Orquesta Municipal de Barcelona dirigida por Eduard Toldrà interpretó varias obras orquestales del compositor y acompañó al violinista en la Romanza en sol mayor de Beethoven y el Concierto para violín nº2 "la Campanella" de Paganini en la armonización de la parte orquestal realizada por él mismo. De este concierto la revista Ritmo escribió: "El público se sintió electrizado por la indescriptible pureza del sonido y la maravillosa agilidad del violinista, para el que las más temibles dificultades técnicas son superadas con inverosímil facilidad". En ocasión de la concesión de la Medalla, el periodista, compositor y musicólogo Artur Menéndez Aleixandre, que era en ese momento el secretario personal de Manén, hizo varias conferencias sobre el compositor, contextualizándolo en la historia y evolución de la música española. En abril el violinista fue invitado por el Consejo Permanente de Exposiciones de Cannes para dar un concierto con orquesta y un recital. El 25 de septiembre, con motivo de los actos inaugurales del Estadio del FC Barcelona, se celebró un concierto en tres partes en el Teatro Tívoli de Barcelona en el que Manén interpretó su Concerto da Camera Op. A-24 entre otras obras. Durante el año hizo conciertos de despedida, acompañado de la pianista Antonia Pich Santasusana, en Madrid (Teatro de la Zarzuela), Zaragoza, Huesca y en varias poblaciones catalanas: Granollers, Badalona, Calella, Olot y Girona.
En 1958 tuvieron lugar las últimas actuaciones de Joan Manén como violinista; según La Vanguardia Manén regresaba de una gira de conciertos por Francia, Alemania y Bélgica. Finalizaba así una larga carrera de más de 65 años en que había llevado a cabo más de 4.000 conciertos en Europa y América. Durante el mes de octubre formó parte del jurado encargado de la renovación de la Orquesta Sinfónica del Gran Teatro del Liceo y un año más tarde, durante las bodas de oro del teatro, se le concedió el primer premio por su obra Festividad.
Fue miembro de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando y de la Real Academia de Música de Estocolmo. Recibió muchas distinciones durante su larga carrera, entre las que destacan la de "Caballero de la Real Orden de Carlos III" y la de "Comendador de número de la Orden Civil de Alfonso XII".
